Posláním Přírodovědecké fakulty je pěstování výuky a rozvoj poznání v přírodovědných oborech.

Hlavní pozornost je zaměřena na počítačovou fyziku, počítačové metody a simulace, problematiku metodologie molekulárních simulací a jejich aplikací na problémy fyziky, chemie achemického inženýrství, modelování energetických procesů ve sluneční atmosféře se zaměřením na fyziku erupcí, dále na fyziku plazmatu, plazmochemii, fyziku tenkých vrstev apovrchů, výzkum elektrochemických biosenzorů pro evironmentální analýzu, mikrobiologii a biologii rostlin a živočichů, aplikovanou geografii, environmentální geografii, krajinnou ekologii, syntézy krajiny, krajinné plánování a instrumentální metody analytické chemie.

Dalším posláním fakulty je výrazně posílit vědecko-výzkumnou základnu UJEP v oblasti přírodních věd, dosáhnout jejího výraznějšího zapojení do evropského výzkumného prostoru a sítí mezinárodní spolupráce a zajišťovat vysokoškolské vzdělání všech tří stupňů (Bc., Mgr., Ph.D.) jak pro odborníky v přírodovědných oborech, tak pro přípravu učitelů pro 2. stupeň základních škol (ZŠ) a pro střední školy (SŠ) v přírodovědných předmětech. Cílem je připravit absolventy tak, aby se mohli dobře uplatnit na trhu práce nebo aby se mohli věnovat vědecké práci nebo vědecké přípravě v rámci doktorských studijních programů.